Hiện có hai mô hình tổ chức tham gia làm chủ đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật các cụm công nghiệp. Mô hình thứ nhất là doanh nghiệp làm chủ đầu tư xây dựng và quản lý sau đầu tư. Mô hình này tồn tại ở 34 cụm công nghiệp và được cho là phù hợp với chủ trương của thành phố Hà Nội. Tuy nhiên, công tác thu hút đầu tư tại các cụm này gặp nhiều khó khăn do chính sách thu hút đầu tư chung của thành phố chưa hấp dẫn, môi trường ưu đãi đầu tư hạn chế so với các khu công nghiệp.
Mô hình thứ hai là ủy ban nhân dân cấp huyện, xã làm chủ đầu tư xây dựng hạ tầng, áp dụng ở 73 cụm công nghiệp. Các cụm công nghiệp này được ủy ban nhân dân cấp huyện, xã sử dụng một phần ngân sách nhà nước đầu tư, thu hút nhà đầu tư thứ phát lấp đầy diện tích quy hoạch, song chưa thành lập đơn vị quản lý sau đầu tư chuyên trách. Vì vậy, các nhà đầu tư thứ phát không có sự quản lý chung trong cụm công nghiệp.
Ngoài ra, theo Sở Công Thương, chi phí đầu tư cho phát triển công nghiệp của Hà Nội cao hơn nhiều so với các địa phương lân cận, ảnh hưởng lớn đến thu hút đầu tư. Tình trạng vi phạm các quy định về xây dựng, đất đai, môi trường còn diễn ra phổ biến. Một số cụm công nghiệp đang triển khai đầu tư gặp khó khăn về thu hồi đất, đền bù giải phóng mặt bằng, nguồn vốn đầu tư.
Hơn nữa, thành phố chưa có quy định mức khung giá dịch vụ tiện ích dùng chung cho các cụm công nghiệp nên các chủ đầu tư chưa có căn cứ pháp lý để thu các dịch vụ phục vụ trong cụm công nghiệp.
Đến thời điểm này, thành phố đã triển khai xây dựng 107 cụm công nghiệp trên địa bàn 21 quận, huyện, thị xã với tổng diện tích quy hoạch hơn 3.100ha. Trong đó, 42 cụm đã cơ bản hoàn thiện hạ tầng kỹ thuật, lấp đầy diện tích quy hoạch, hoạt động ổn định. Tổng số dự án sản xuất kinh doanh đã thu hút vào các cụm công nghiệp là 3.776 dự án với diện tích đất cho thuê là hơn 864ha, tạo việc làm cho gần 64.000 lao động./.