Theo báo cáo kiểm toán báo cáo tài chính năm 2012 về kết quả kinh doanh của 242 doanh nghiệp thuộc 27 tập đoàn, tổng công ty gửi đến các đại biểu Quốc hội, hầu hết các đơn vị đầu tư xây dựng, kinh doanh bất động sản đều có dự án triển khai chậm hoặc kéo dài nhiều năm, làm giảm hiệu quả đầu tư.
Chẳng hạn, Tổng Công ty Xây dựng công trình giao thông 5 (Cienco5) có 7 dự án bất động sản bị kiểm toán thì đều bị chậm tiến độ. Tại Tổng Công ty Đầu tư Phát triển Hạ tầng Đô thị UDIC, dự án nhà ở CT13 bị chậm 6 năm, dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị Đông Nam đường Trần Duy Hưng cũng bị chậm 8 năm. Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) có 24 dự án và 37 gói thầu chậm tiến độ. Một số dự án của Tổng Công ty Cảng hàng không được giao đất từ những năm trước năm 2009 nhưng vẫn chưa triển khai...
EVN đầu tư tài chính vượt vốn điều lệ trên 21.300 tỷ đồng.
Nhiều dự án của tập đoàn, tổng công ty phải dừng thi công do không có vốn, gây lãng phí vốn đầu tư, như dự án khu du lịch tổng hợp Tuần Châu, dự án đầu tư nâng cấp Xí nghiệp sửa chữa đóng mới phương tiện vận tải thủy Ninh Phúc và dự án Cảng Ninh Phúc giai đoạn 1 của Tổng Công ty Vận tải thủy.
Kiểm toán Nhà nước cũng đánh giá một số tập đoàn, tổng công ty đang quản lý và sử dụng diện tích đất đai lớn nhưng còn để đất không hoặc chưa sử dụng, sử dụng không hiệu quả, bị lấn chiếm, tranh chấp, thậm chí sử dụng không đúng mục đích.
Cụ thể, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam chưa thực hiện xong việc đền bù, giải tỏa đất tại 63 Huỳnh Thúc Kháng, Hà Nội và khai thác thương mại chưa hiệu quả với khu đất 1.895 m2 tại số 6 Huỳnh Thúc Kháng, Hà Nội, sử dụng không hiệu quả gần 10 triệu m2 đất do một số dự án của các đơn vị thành viên chưa triển khai, triển khai chậm tiến độ. Tổng Công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines) cũng có trên 24.700 m2 đất chưa triển khai dự án...
Nhiều đơn vị chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước về đất đai, tuân thủ không nghiêm các quy định trong mua, bán, chuyển nhượng quyền sử dụng đất, tài sản hình thành từ dự án. Báo cáo ghi nhận một số đơn vị chậm nộp tiền sử dụng đất hàng trăm tỷ đồng, như Công ty cổ phần Xây dựng công nghiệp thuộc UDIC, Tổng công ty Lắp máy Việt Nam (Lilama)...
Không chỉ mắc cạn với các dự án bất động sản, các tập đoàn, tổng công ty cũng gánh hậu quả nặng nề khi đầu tư tài chính không theo quy định và tràn lan. Kiểm toán Nhà nước cho biết một số ông lớn đầu tư vượt vốn điều lệ hàng chục nghìn tỷ đồng như EVN vượt 21.312 tỷ đồng, Tập đoàn Than - Khoáng sản Việt Nam 1.268,8 tỷ đồng. Công ty mẹ Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex) đầu tư vào 8 đơn vị thuộc lĩnh vực chứng khoán, ngân hàng, trong khi theo quy định thì chỉ được đầu tư vào mỗi lĩnh vực một doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, 1/10 số công ty do EVN và PVN đầu tư gặp thua lỗ, khiến hai đơn vị này phải trích lập dự phòng giảm giá đầu tư tài chính tổng cộng gần 10.000 tỷ đồng. 6/57 công ty thuộc TKV lỗ 118,3 tỷ đồng; 3/8 công ty liên doanh, liên kết do công ty mẹ Tổng công ty Sông Đà đầu tư cũng không có lãi.
Nhiều công ty có lỗ lũy kế lớn hơn vốn điều lệ như Công ty Phát triển và Kinh doanh Nhà thuộc Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn đầu tư 20% vốn điều lệ vào Công ty Quy hoạch và Phát triển Nhà Việt Nam - Hàn Quốc, lỗ lũy kế 417,3 tỷ đồng, trong khi vốn điều lệ là 379 tỷ đồng. Công ty Tài chính Cao su Việt Nam lỗ lũy kế 1.380 tỷ đồng, trong khi vốn điều lệ 1.088,97 tỷ đồng. Công ty mẹ Lilama cũng góp 85,7% vốn vào Công ty Tôn mạ màu Việt - Pháp lỗ lũy kế 582,7 tỷ đồng, gấp 8,5 lần vốn điều lệ...
Tính đến cuối năm 2012, 27 tập đoàn, tổng công ty được kiểm toán có tổng tài sản, nguồn vốn đến đạt hơn 1,6 triệu tỷ đồng. Do tình hình kinh tế thế giới và trong nước gặp khó khăn, nhiều doanh nghiệp đã phải thu hẹp sản xuất, dừng hoạt động. Kết quả kiểm toán cho thấy 26/27 tập đoàn, tổng công ty kinh doanh có lãi nhưng hiệu quả hoạt động giảm sút so với năm 2011 .
Nhiều doanh nghiệp quản lý nợ phải thu chưa chặt chẽ, dẫn đến nợ quá hạn, khó đòi lớn. Một số khoản nợ trong nội bộ tập đoàn, giữa các tập đoàn với số tiền lớn, kéo dài chưa được giải quyết dứt điểm, một số đơn vị xóa nợ phải thu. Tình trạng này hiện đang xảy ra phổ biến giữa EVN với PVN. Cuối năm 2012, ngành điện nợ PVN 12.651 tỷ đồng tiền mua khí, trong đó nợ quá hạn từ năm 2011 là 9.650 tỷ đồng. Số dư nợ phải thu, phải trả của công ty mẹ EVN với các đơn vị thành viên lớn, việc thanh toán tiền điện của các công ty mua bán điện cho các nhà máy điện cũng thường xuyên chậm.
Một số doanh nghiệp hoạt động kinh doanh chủ yếu dựa vào vốn chiếm dụng, vốn vay nên hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở hữu cao, tỷ lệ nợ phải trả trên vốn điều lệ vượt mức cho phép.