NHNN cho biết, việc các tổ chức tín dụng lâm vào tình trạng yếu kém trong thời gian vừa qua do nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan. Trong đó, chủ yếu là năng lực quản trị và kiểm soát rủi ro của các tổ chức tín dụng còn nhiều bất cập so với quy mô, tốc độ tăng trưởng và yêu cầu về quản trị rủi ro trong hoạt động.
Bên cạnh đó, tình trạng sở hữu, sở hữu chéo, nhóm cổ đông, chi phối đã từng bước được kiểm soát nhưng trong thực tế vẫn còn tiềm ẩn nhiều rủi ro do tình trạng chi phối, thao túng hoạt động ngân hàng chưa được xử lý triệt để.
Trên thực tế, rất khó phát hiện và kiểm soát đối với trường hợp cố tình sở hữu hộ hoặc sở hữu che giấu qua nhiều chủ thể. Một số tổ chức tín dụng vẫn còn tình trạng cổ đông là tổ chức sở hữu trên 15% vốn điều lệ, cổ đông và người có liên quan sở hữu trên 20% vốn điều lệ của tổ chức tín dụng, trong đó tỷ lệ sở hữu lớn chủ yếu tại một số doanh nghiệp nhà nước chưa khắc phục xong.
Liên quan đến việc xử lý nợ xấu, NHNN cũng cho biết còn gặp nhiều khó khăn, chủ yếu liên quan đến khâu xử lý tài sản bảo đảm. Nguyên nhân của vướng mắc này bao gồm nhiều yếu tố, trong đó có nguyên nhân thị trường bất động sản phục hồi chậm, nhiều tài sản thế chấp vướng mắc về điều kiện giao dịch, việc xác định giá trị tài sản chưa phù hợp với thực tế và thị trường nên việc xử lý bán tài sản khó khăn và kéo dài.
Thiếu cơ chế ưu đãi, thu hút nhà đầu tư có năng lực mua lại các công trình dự án bất động sản lớn đang triển khai dở dang (như việc tạo cơ chế thông thoáng, đơn giản hóa thủ tục hành chính liên quan đến bán, chuyển nhượng các tài sản đảm bảo là các bất động sản, dự án đang đầu tư dở dang..) cũng là yếu tố khiến việc xử lý nợ xấu gặp khó.