Giai đoạn 2011 – 2015: Trong tháng 4/2011 Hà Nội sẽ công bố Quy hoạch UBND TP Hà Nội sẽ là cơ quan chỉ đạo thực hiện và cơ quan tham mưu, tổ chức thực hiện là Sở NNPT&NT cùng với sự hỗ trợ của các sở, ban, ngành thành phố.
Các công việc thực hiện giai đoạn này: Công bố Quy hoạch, xây dựng đường chỉ giới thoát lũ, chỉ giới xây dựng; nạo vét hạ thấp bãi sông Hồng trong chỉ giới thoát lũ; cải tạo sông Đáy, sông Tích, sông Bùi; nâng cấp, tu bổ, xây dựng đê theo quy hoạch; tu bổ, xây mới kè chống sạt lở bờ bãi; cải tạo, nâng cấp, xây dựng công trình đầu mối; đền bù di dân trong chỉ giới thoát lũ.
Kinh phí thực hiện Quy hoạch giai đoạn này khoảng 40.000 tỷ đồng.
Giai đoạn 2016 đến năm 2020: Tiếp tục thực hiện cải tạo sông Đáy, sông Tích, sông Bùi; nâng cấp, tu bổ, xây dựng đê theo Quy hoạch; tu bổ, xây mới kè chống sạt lở bờ bãi; cải tạo, nâng cấp, xây dựng công trình đầu mối; đền bù di dân trong chỉ giới thoát lũ.