Tại Hội nghị, Bộ trưởng đã chỉ ra 5 hạn chế trong công tác quy hoạch và đầu tư xây dựng Vùng Thủ đô gồm: Việc cụ thể hóa Quy hoạch xây dựng Vùng Thủ đô còn chậm, còn thiếu nhiều quy hoạch chuyên ngành, quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết. Bên cạnh đó, chất lượng một số đồ án quy hoạch còn hạn chế, thiếu tính đồng bộ với quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội, các quy hoạch ngành và các chiến lược phát triển cấp vùng, cấp quốc gia.
Thứ hai, công tác quản lý phát triển đô thị, khu công nghiệp còn nhiều bất cập. Theo Bộ trưởng, mặc dù phát triển nhanh về quy mô nhưng còn thiếu đồng bộ, nhất là hệ thống hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội; phát triển đô thị, khu công nghiệp thiếu quy hoạch, chưa có kế hoạch, chưa cân đối các nguồn lực thực hiện theo từng giai đoạn, dẫn đến lãng phí các nguồn lực nhất là đất đai, tác động tiêu cực đến thị trường bất động sản, gây bức xúc trong dư luận xã hội.
Thứ ba, mô hình phát triển đô thị, khu công nghiệp còn thiếu tính bền vững, chưa đề cao tính kết nối, mối quan hệ tương hỗ giữa các địa phương, cũng như chưa phát huy lợi thế cạnh tranh theo đặc điểm của từng địa phương trong Vùng.
Thứ tư, công tác phát triển kết cấu hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội còn nhiều hạn chế. So với các dự án hạ tầng giao thông, việc triển khai các dự án hạ tầng xã hội và hạ tầng kỹ thuật khác phục vụ liên tỉnh trong Vùng còn chậm, thiếu đồng bộ, thiếu tính kết nối và còn thiếu nhiều các dự án hạ tầng xã hội như cơ sở giáo dục, y tế, văn hóa, thể thao cấp Vùng.
Thứ năm, công tác phát triển nhà ở tuy đã đạt được nhiều kết quả, nhưng ở nhiều địa phương mới chỉ chú trọng phát triển nhà ở thương mại, chưa quan tâm đúng mức đến phát triển nhà ở xã hội, chưa đáp ứng nhu cầu nhà ở cho các nhóm đối tượng có khó khăn về nhà ở, nhất là các đối tượng thu nhập thấp đô thị.
Được biết, vùng thủ đô Hà Nội bao gồm: Hà Nội, Vĩnh Phúc, Hưng Yên, Bắc Ninh, Hải Dương, Hà Nam và Hoà Bình. Sau khi Hà Nội được điều chỉnh địa giới hành chính vào 2008, Thủ tướng ban hành quyết định phê duyệt đồ án Quy hoạch xây dựng vùng thủ đô Hà Nội đến năm 2025 và tầm nhìn đến năm 2030. Tại cuộc họp cuối năm 2012, các thành viên Chính phủ đề xuất vùng thủ đô mở rộng thêm ra Phú Thọ, Thái Nguyên, Bắc Giang. Các tỉnh này nằm trong bán kính 100 km từ trung tâm Hà Nội.