Theo quy hoạch chung, huyện Phú Xuyên sẽ có tổng diện tích đất tự nhiên khoảng 17.104,6ha, bao gồm toàn bộ diện tích của 26 xã và 2 thị trấn hiện tại.
Đến năm 2020, tổng diện tích đất xây dựng đô thị, nông thôn đạt khoảng 2.800ha, trong đó đất xây dựng đô thị khoảng 1.500ha. Đến năm 2030, tổng diện tích đất xây dựng đô thị, nông thôn khoảng 3.800ha, trong đó đất xây dựng đô thị khoảng 2.250ha.
Quy mô dân số đến năm 2020 của huyện khoảng 220-240 nghìn người, trong đó dân số đô thị khoảng 40-60 nghìn người, tỷ lệ đô thị hóa là 20-25%. Đến năm 2030 dân số của huyện khoảng 240-270 nghìn người, tỷ lệ đô thị hóa là 25-30%.
Mục tiêu, nhiệm vụ quy hoạch chung huyện Phú Xuyên nhằm mở rộng và xây dựng các liên kết vùng gồm: Liên kết giữa đô thị vệ tinh với đô thị trung tâm, liên kết vùng lưu vực sông Nhuệ, liên kết đầu mối tiếp vận, dịch vụ cảng, kho và công trình đầu mối. Xây dựng hệ thống các trung tâm chuyên ngành cấp vùng mới về công nghiệp, thương mại, y tế, đào tạo, hệ thống đô thị.