Trên thực tế, Khánh Hòa chỉ có 123 phôi bị thất lạc. Còn 3.000 phôi khác là số phôi Tổng cục Quản lý đất đai chuyển từ Hà Nội đến Đà Nẵng và Phú Yên nhưng trong quá trình vận chuyển bị thất lạc.
Sự việc nhầm lẫn trên xuất phát từ hai văn bản của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa. Văn bản thứ nhất số 1595/STNMT-CCQLĐĐ ngày 15/7/2015 về việc không sử dụng các phôi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất bị thất lạc trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa, gửi đến sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh, thành phố trên cả nước đề phòng các đối tượng xấu có thể sử dụng 123 phôi giấy chứng nhận bị thất lạc của tỉnh Khánh Hòa làm giấy chứng nhận giả trong cả nước.
Cùng ngày 15/7/2015, Sở Tài nguyên và Môi trường Khánh Hòa cũng ban hành văn bản số 1594/STNMT-CCQLĐĐ gửi đến các đơn vị, địa phương trong tỉnh với nội dung tương tự văn bản 1595 nhưng đề cập thêm 3.000 phôi bị thất lạc hồi tháng 1/2015, trong quá trình chuyển phôi từ Hà Nội về thành phố Đà Nẵng và tỉnh Phú Yên theo văn bản số 504/TCQLĐĐ-CĐKĐĐ ngày 13/4/2015 của Tổng cục Quản lý đất đai gửi đến tất cả các tỉnh, thành phố trong cả nước. Điều này đã khiến một số cơ quan báo chí hiểu nhầm khi thông tin là Khánh Hòa thất lạc 3.123 phôi sổ đỏ.
Theo ông Trần Xuân Tây, trên địa bàn tỉnh hiện chỉ có 123 phôi bị thất lạc có lý do. Cụ thể: 91 phôi – liên màu đỏ (theo quy định, mỗi phôi có hai liên màu đỏ và trắng) với số seri từ AG 172010 đến AG 172100 bị thất lạc trong quá trình sắp xếp lại trụ sở làm việc của Phòng Tài nguyên và Môi trường thành phố Nha Trang. Đây là số phôi bị thất lạc năm 2007, hiện Phòng Tài nguyên và Môi trường thành phố Nha Trang còn lưu giữ liên màu trắng.
Bên cạnh đó, 31 phôi do Công ty cổ phần Công nghệ tin học và trắc địa bản đồ Bình Minh quản lý, bị thất lạc trong quá trình vận chuyển và trong vụ cháy trụ sở làm việc của Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Vạn Ninh, đều được xác định thuộc nhiều số seri với các mã: BL, BQ và BN. Một phôi còn lại (số seri BU 822952) do Xí nghiệp Đo đạc bản đồ nông nghiệp 1 làm thất lạc trong quá trình vận chuyển phôi đến Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Vạn Ninh.
Ông Võ Tấn Thái, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường Khánh Hòa thừa nhận, việc 91 phôi bị thất lạc tại Phòng Tài nguyên và Môi trường thành phố Nha Trang xảy ra từ năm 2007, nhưng đến nay Sở Tài nguyên và Môi trường Khánh Hòa mới thông báo là một sự chậm trễ đáng trách.