Trong lá đơn đề ngày 23/12/2013, một tuần sau khi bị tuyên án tử hình, ông Mai Văn Phúc cho rằng việc cáo buộc làm trái ý kiến chỉ đạo của Chính phủ về dự án xây dựng Nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam là không có cơ sở. Quyết định về dự án này được Vinalines ký ngày 24/2/2001, khi đó ông chưa nhận chức tổng giám đốc. Trước khi về Vinalines, ông Phúc là Vụ phó Vụ vận tải thuộc Bộ Giao thông Vận tải.

Về việc mua ụ nổi 83M, ông Phúc khẳng định thủ tục thanh toán thực hiện đúng quy định. Theo ông, trước tòa, đại diện ngân hàng chuyển tiền đã xác nhận điều này. Trong đơn kháng cáo, ông Phúc cũng phủ nhận đã tổ chức chào thầu không theo trình tự.

Về tội Tham ô tài sản, ông Phúc cho rằng toà sơ thẩm không có căn cứ khi quy kết ông gặp Giám đốc Công ty AP (Singapore, doanh nghiệp môi giới bán ụ nổi) để thỏa thuận ăn chia hoa hồng và nhận 10 tỷ đồng chia chác từ nguyên tổng giám đốc Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines Trần Hải Sơn.

“Đó là lời khai man trá của Trần Hải Sơn, bởi mọi thoả thuận ăn chia về khoản tiền 1,66 triệu USD do AP chuyển, theo trang 16 và 18 của cáo trạng, đều được thực hiện từ trước khi bị cáo nhận chức Tổng giám đốc Vinalines”, ông Phúc trình bày và mong toà phúc thẩm làm rõ để vừa tìm ra được sự thật vụ án vừa minh oan cho ông.

Cựu tổng giám đốc Vinalines Mai Văn Phúc trong phiên tòa sơ thẩm. Ảnh: Việt Dũng

Tương tự ông Phúc, Trần Hữu Chiều (nguyên phó tổng giám đốc Vinalines) cũng kháng cáo cho rằng hình phạt 9 năm tù về tội Cố ý làm trái quy định về quản lý kinh tế là quá nặng. Hình phạt 10 năm về tội Tham ô tài sản là "oan ức".

Trong đơn kháng cáo dài 18 trang A4, ông Chiều trình bày, năm 2006, trước yêu cầu của thị trường sửa chữa tàu biển rất cấp bách, Vinalines đã xin xây dựng một nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam tại tỉnh Bà Rịa - Vũng tàu.

Sau khi xin ý kiến và được Bộ Kế hoạch Đầu tư, Tài chính, Công thương, Tài nguyên Môi trường và UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu nhất trí, Vinalines được đồng ý về mặt nguyên tắc lập báo cáo đầu tư xây dựng một nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam... Căn cứ các văn bản này, Vinalines đã được chỉ định chọn nhà thầu tư vấn lập dự án.

Nguyên phó tổng giám đốc Vinalines cho rằng không muốn làm Trưởng ban quản lý dự án nhưng do lệnh từ cấp trên nên phải lãnh trách nhiệm. Về dự án đầu tư mua ụ nổi 83M, ông Chiều cho rằng sau khi sang Nga khảo sát ụ nổi 83M đã báo cáo Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc, được hai ông này chỉ đạo phải mua nên đã cùng nhiều người khác hoàn tất thủ tục. Ông Chiều cho rằng đã thành khẩn khai nhận, ăn năn và tự nguyện khắc phục hậu quả.

Về cáo buộc tham ô 340 triệu đồng trong khoản "lại quả" từ AP cho Vinalines, ông Chiều cho rằng "bị oan ức". Đây là tiền ông vay của Sơn để chữa bệnh từ trước đó.

Hai bị cáo nguyên là cán bộ hải quan Lê Ngọc Triện và Lê Văn Lừng, cùng lĩnh 8 năm về tội Cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng, đã chống án cho rằng mức hình phạt quá nặng. Họ cho rằng đã thực hiện nhiệm vụ theo đúng quy trình thủ tục, nghiệp vụ hải quan.

Theo nhà chức trách, hầu hết 10 bị cáo liên quan tiêu cực tại Vinalins đã có đơn chống án. Trong số này, cựu cục trưởng Hàng hải, cựu chủ tịch HĐQT Vinalines Dương Chí Dũng là một trong những người đầu tiên kháng cáo kêu oan.