Quy trình thanh toán L/C thông thường gồm các bước sau:

1. Hai bên ký kết hợp đồng thương mại.
2. Bên mua làm thủ tục yêu cầu ngân hàng mở L/C mở L/C cho người thụ hưởng là bên bán.
3. Ngân hàng mở L/C mở L/C theo đúng yêu cầu của người mua và chuyển L/C sang ngân hàng thông báo để báo cho người bán biết về việc thư tín dụng đã được mở.
4. Ngân hàng thông báo L/C thông báo và chuyển bản gốc L/C cho người bán.
5. Người bán xem xét L/C so với hợp đồng để đề nghị sửa đổi, bổ sung, điều chỉnh hoặc chấp nhận giao hàng.
6. Người bán lập bộ chứng từ thanh toán sau khi giao hàng và gửi đến ngân hàng thông báo để được thanh toán.
7. Ngân hàng thông báo chuyển bộ chứng từ cho ngân hàng mở L/C.
8. Ngân hàng mở L/C tiến hành kiểm tra bộ chứng từ. Nếu chứng từ phù hợp với  L/C thì tiến hành thanh toán cho ngân hàng thông báo. Nếu chứng từ không phù hợp với L/Cthì từ chối thanh toán và trả lại bộ chứng từ.
9. Ngân hàng thông báo L/C ghi có và báo có cho người bán.
10. Ngân hàng mở L/C trích tài khoản và báo nợ cho người mua.
11. Người mua xem xét chấp nhận trả tiền cho ngân hàng mở L/C.
12. Ngân hàng mở L/C trao bộ chứng từ cho người mua để nhận hàng.

Trong quá trình thanh toán L/C nên lưu ý một số điểm sau:

1. Khi mở L/C, người mua phải ký quỹ một số tiền tại ngân hàng (có thể lên đến 100% giá trị L/C).
2. L/C không phải là phương thức thanh toán an toàn tuyệt đối vì ngân hàng chỉ làm việc trên chứng từ chứ không xét đến chất lượng hàng hoá.
3. Bộ chứng từ đề nghị thanh toán L/C do các bên thoả thuận. Người bán phải cung cấp đầy đủ các chứng từ  và phải phù hợp với L/C thì mới được thanh toán. Các loại chứng từ thường gặp:

• Bill of Lading – B/L (Vận đơn);
• Invoice (Hoá đơn);
• Packing List (Bảng kê chi tiết hàng hoá đóng thùng);
• Certificate of Origin (Giấy chứng nhận xuất xứ, nguồn gốc);
• Insurance Certificate (Chứng từ bảo hiểm lô hàng);
• Shipping Documents(Chứng từ giao hàng);
• Phytosanitary Certificate (Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật);
• Fumigation Certificate (Giấy chứng nhận hàng hoá đã xông khói);
• …

4. Trong quá trình kiểm tra bộ chứng từ, nếu phát hiện sai sót, ngân hàng mở L/C sẽ từ chối thanh toán. Trường hợp này có thể được giải quyết như sau:

• Người bán cam kết miệng với ngân hàng để được thanh toán. Cách này chỉ có thể thực hiện nếu có sự tín nhiệm giữa ngân hàng và người bán.
• Người bán viết thư cam kết bồi thường.
• Người bán điện cho ngân hàng phát hành để xin phép thanh toán.
• Người bán chuyển sang phương thức nhờ thu.