Sở Xây dựng cho biết phần diện tích sai phép của cao ốc Bảo Việt không làm tăng chiều cao tối đa của công trình (GPXD cho 49,6 m còn công trình cao 49,5 m) nhưng làm tăng quy mô số tầng. Việc xây dựng sai phép có làm ảnh hưởng đến hệ số sử dụng đất (tăng 0,16 lần so với GPXD) nhưng nằm trong phạm vi hệ số sử dụng đất đã được Kiến trúc sư trưởng TP cung cấp năm 2002 và Sở Quy hoạch Kiến trúc có ý kiến năm 2003. Công trình không làm ảnh hưởng đến an toàn phòng cháy chữa cháy đã được Sở Cảnh sát PCCC xác nhận. Tuy nhiên, Sở Xây dựng không kiến nghị cụ thể mà chỉ phân tích và báo cáo để UBND TP quyết định.
Cao ốc Bảo Việt trong quá trình xây dựng đã bít ô thông tầng tại tầng 10 (làm tăng số tầng từ 11 tầng lên 12 tầng) và mở rộng phần diện tích tầng kỹ thuật tại sân thượng, tổng diện tích sai phép khoảng 384 m2. Tháng 8 và tháng 9-2010, Sở Xây dựng có hai văn bản chỉ chấp nhận cho tồn tại 84 m2. Tuy nhiên, chủ đầu tư cho hay việc phá dỡ sẽ làm ảnh hưởng đến toàn bộ kết cấu công trình. Sau đó, UBND TP có văn bản yêu cầu chủ đầu tư xin lỗi, còn phần diện tích sai phép thì bố trí làm mảng xanh, không được sử dụng làm văn phòng.