Theo đó, dự án hiện chưa đủ điều kiện đưa vào vận hành thương mại do chưa được cấp chứng nhận an toàn hệ thống và Hội đồng nghiệm thu Nhà nước nghiệm thu. Theo quy định, dự án đường sắt Cát Linh-Hà Đông trước khi đưa vào vận hành chính thức phải có đánh giá chứng nhận an toàn hệ thống, được thực hiện độc lập bởi Liên danh nhà thầu quốc tế Apave-Certifier-Tricc và được Cục Đăng kiểm Việt Nam cấp chứng nhận chất lượng, an toàn kỹ thuật. Sau đó, dự án còn được Hội đồng nghiệm thu Nhà nước kiểm tra, đánh giá tổng thể lần cuối.
Tuy nhiên, theo đánh giá của Ban quản lý dự án đường sắt, đơn vị Tổng thầu thiếu kinh nghiệm triển khai dự án, không bố trí nhân lực có trình độ bao quát, chậm trễ hoàn thành các hồ sơ, tài liệu kỹ thuật, hồ sơ nghiệm thu hoàn thành, hồ sơ hoàn công... Bên cạnh đó, Tổng thầu Trung Quốc vẫn chưa hoàn thiện hạng mục kiến trúc các nhà ga và các đơn thể khu depot; mái che thang cuốn các nhà ga; đấu nối thoát nước khu gian ga vành đai 3, cảnh quan, cây xanh... Do đó, dự án còn thiếu các thủ tục để đánh giá chứng nhận an toàn hệ thống, nghiệm thu và bàn giao dự án.