Hiện nay, theo Nghị định 45/2011, lệ phí trước bạ nhà đất được tính bằng 0,5% giá trị nhà đất. Đối với nhà, lệ phí trước bạ được căn cứ vào Quyết định 66/2012 do UBND TP ban hành về suất vốn đầu tư để xác định giá trị nhà. Tuy nhiên, về giá trị quyền sử dụng đất để tính lệ phí trước bạ thì các ý kiến chưa được thống nhất.
Theo tờ trình của Sở Tài chính, lệ phí trước bạ cho phần diện tích đất sẽ được tính theo giá đất đấu giá hoặc giá trị thực tế ghi trên hợp đồng chuyển nhượng (nếu giá này cao hơn giá đất do TP ban hành công bố hằng năm). “Hiện một số tỉnh, thành vẫn thực hiện theo cách này, như Hà Nội…” - sở này cho biết.
Tuy nhiên, đại diện Sở Tư pháp cho rằng cách thu trên chưa chuẩn về mặt pháp lý. Theo Luật Đất đai, giá đất để tính lệ phí trước bạ là giá đất do TP công bố hằng năm. Bảng giá đất do UBND TP.HCM quy định hằng năm, mới đây nhất là năm 2013, cũng khẳng định mục đích là để áp dụng tính lệ phí trước bạ. Ngoài ra, Nghị định 45/2011 và Thông tư 124/2011 của Bộ Tài chính quy định rõ giá thu lệ phí trước bạ là giá do UBND cấp tỉnh quy định.
Từ đó, Sở Tư pháp đề nghị lệ phí trước bạ đối với đất phải căn cứ vào bảng giá đất do TP công bố hằng năm. Thực tế cho thấyngười dân thường ghi giảm giá trị chuyển nhượng trong hợp đồng mua bán cho tiệm cận với bảng giá đất, chủ yếu để tránh phải nộp lệ phí trước bạ nhiều. Việc này tiềm ẩn nhiều rủi ro cho các bên mua bán, đồng thời Nhà nước cũng không quản lý được tình hình thực tế của các giao dịch nhà đất.
Cuối cùng, Sở Tài chính cho biết sẽ hỏi ý kiến Bộ Tài chính về đề xuất thu lệ phí trước bạ theo giá trị ghi trên hợp đồng hoặc đấu giá là được phép hay không, sau đó sẽ báo cáo lại UBND TP.