Dự án cầu Nguyễn Khoái đã được TP.HCM phê duyệt chủ trương đầu tư từ nhiều năm trước. Tuy nhiên, do phương án thiết kế chưa được hợp lý nên dự án phải điều chỉnh chưa thể xây dựng.
Cụ thể, ban đầu dự án có tổng chiều dài 1.000m, bắt đầu từ đường D1 khu dân cư Him Lam (quận 7) và điểm cuối là đường Bến Vân Đồn (quận 4). Theo kế hoạch, tổng số vốn đầu tư vào dự án này là 1.250 tỉ đồng.
Tuy nhiên, UBND quận 4 sau đó đã đề xuất điều chỉnh vì phương án trên không tối ưu, có thể khiến tình trạng kẹt xe trầm trọng hơn. Do đó, quận đề xuất Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông nghiên cứu, xem xét và báo cáo Thành phố phương án thay đổi, nối quận 7 với quận 1 từ trên cao và có đường nhánh dẫn xuống Quận 4.
Phương án này sẽ khiến cho tổng kinh phí đầu tư dự án tăng thêm khoảng 1.000 tỉ đồng.