Cụ thể, Tầng (-1) bố trí hầm chui hai chiều kết nối đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ theo hướng đi về hầm vượt sông Sài Gòn và ngược lại.
Tầng (+1) bố trí cầu vượt qua đường Mai Chí Thọ theo hướng kết nối hai chiều giữa đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây và đường Lương Định Của. Tuyến đường sắt nhẹ Long Thành - Thủ Thiêm và tuyến đường sắt TP.HCM - Nha Trang đi trên cao vượt đường Mai Chí Thọ để vào ga Thủ Thiêm.
Mặt đất bố trí giao bằng cho tất cả các hướng kết nối còn lại.
Thành phố sẽ phân kỳ đầu tư xây dựng nút giao này theo hai giai đoạn. Trong giai đoạn 1, đầu tư xây dựng hầm chui hai chiều (4 làn xe) kết nối đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ theo hướng về hầm vượt sông Sài Gòn và ngược lại với tổng mức đầu tư dự kiến là 1.036,7 tỷ đồng.
UBND TP cũng kiến nghị cơ quan này chấp thuận cho TP.HCM tổ chức thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư Xây dựng nút giao An Phú, giai đoạn 1 và bàn giao hồ sơ dự án cho Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) triển khai các công việc đầu tư tiếp theo bằng nguồn vốn dư của dự án đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây.