Qua thanh tra cho thấy, việc quản lý quy hoạch bộc lộ nhiều khuyết điểm, đầu tư xây dựng chưa đúng quy hoạch, quyết định phê duyệt không đúng quy định. Kết quả thanh tra cũng cho thấy công tác quản lý về đầu tư xây dựng đã để xảy ra nhiều vi phạm.
Đặc biệt, các dự án đầu tư theo cơ chế đổi đất lấy hạ tầng triển khai không đúng quy định, đáng chú ý là việc xác định giá thu tiền sử dụng đất không theo quy định của pháp luật; không tổ chức đấu giá theo Luật Đất đai đối với 117 dự án, khu đô thị, gây thất thu ngân sách… Việc xây dựng giá thu tiền sử dụng đất cho một số dự án theo “phương pháp trừ lùi” là không đúng quy định của pháp luật.
Tại khu đô thị Cao Xanh – Hà Khánh B, tỉnh Quảng Ninh tính giá thu tiền sử dụng đất đã giảm trừ trái quy định cho nhà đầu tư với số tiền hơn 161 tỉ đồng. Dự án đầu tư xây dựng kinh doanh hạ tầng Trung tâm dân cư thể thao và công viên tại thị trấn Quảng Yên có tổng số tiền sai phạm là hơn 24 tỉ đồng, trong đó số tiền giảm trừ trái quy định là 21,3 tỉ đồng…
Đối với dự án xây dựng cầu Vân Đồn, tỉnh đã đền bù số tiền đền bù trượt giá vượt so với quyết toán là 66,3 tỉ đồng ở gói thầu số 1, số tiền này đã thanh toán đối trừ sai quy định cho Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng đô thị Phương Đông. Dự án Khu công nghiệp Cái Lân có số tiền sai phạm là 25 tỉ đồng và 433.623 USD.
Ở một số dự án cụ thể được thanh tra, UBND tỉnh phê duyệt giá thu tiền sử dụng đất cho các dự án trước khi có quyết định giao đất của Thủ tướng Chính phủ như: Dự án khu đô thị mới Hùng Thắng (dự án đổi đất lấy cơ sở hạ tầng), Dự án kinh doanh hạ tầng khu đô thị Cái Dăm. Đối với đường bao biển Hùng Thắng, UBND tỉnh phê duyệt dự toán vượt mức đầu tư là 4 tỉ đồng…
Tổng số tiền sai phạm về tài chính ở một số dự án được thanh tra là 317,2 tỉ đồng và hơn 1 triệu USD, nợ đọng thuế hơn 861 tỉ đồng. Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi số tiền này về ngân sách Nhà nước, đề nghị UBND tỉnh chỉ đạo Cục thuế tỉnh thu về ngân sách Nhà nước số tiền nợ đọng.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND tỉnh Quảng Ninh rà soát, xử lý đối với các dự án các khu đô thị, khu nhà ở, khu thương mại chưa được kiểm tra, trong đó có việc xác định giá thu tiền sử dụng đất theo “phương pháp trừ lùi” gồm 5 khoản không đúng với quy định của pháp luật. Chỉ đạo xử lý sai phạm sau thanh tra, Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc có ý kiến đồng ý với kiến nghị của Thanh tra Chính phủ và yêu cầu kiểm điểm các cá nhân có liên quan (thời kỳ 2001-2010).