Câu chuyện đấu thầu qua mạng của Sở Kế hoạch - Đầu tư TP Hà Nội là một ví dụ điển hình. Hà Nội dự kiến có 10 gói thầu tham gia đấu thầu qua mạng, song cuối cùng chỉ có 3 gói thầu được thực hiện bằng hình thức này trong hai năm 2012 và 2013. Số lượng gói thầu thực hiện đấu thầu qua mạng thấp không phải do các cơ quan chức năng chưa triển khai quyết liệt, mà chủ yếu do các chủ đầu tư viện đủ lý do, như khó khăn pháp lý, kỹ thuật, nhân sự để từ chối đấu thầu qua mạng. Tuy nhiên, thực tế đúng là hạ tầng công nghệ trong đấu thầu qua mạng còn nhiều bất cập. Mẫu hồ sơ mời thầu qua mạng hiện không còn phù hợp với Luật Đấu thầu (sửa đổi), gây khó khăn cho các đơn vị đang triển khai.
Một khó khăn khác với cả nhà thầu và nhà đầu tư là giá trị pháp lý của các tài liệu điện tử, cũng như chữ ký số trong đấu thầu qua mạng chưa được công nhận đầy đủ. Nguyên nhân, do các yếu tố này chưa được quy định cụ thể ở các văn bản pháp quy, nhất là quy định về sự phối hợp của các bên liên quan trong thanh toán, kiểm tra, thanh tra, giám sát… Vì vậy, đấu thầu qua mạng chưa được áp dụng rộng rãi. Phó trưởng ban Đấu thầu của Tổng công ty Điện lực Hà Nội Vũ Chí Dũng nêu một khó khăn khác, theo quy định hiện hành, sau khi phát hành hồ sơ thầu, nhà thầu có thể đưa lên mạng trong 10 ngày trước khi đóng thầu. Nhưng trong quá trình này nếu chủ đầu tư thay đổi hồ sơ mời thầu, thì không thể rút lại hồ sơ để sửa, gây nhiều khó khăn cho chủ đầu tư và nhà thầu.
Theo Cục Đấu thầu, Bộ Kế hoạch - Đầu tư, với kinh phí dự kiến khoảng 300 tỷ đồng, dự án giai đoạn II sẽ được trình vào tháng 5 năm nay và dự kiến tiếp tục triển khai từ năm 2015, nếu được thông qua. Luật Đấu thầu (sửa đổi) sẽ chính thức có hiệu lực kể từ ngày 1.7 năm nay, trong đó có quy định những chế tài rõ ràng, cụ thể đối với các gói thầu quy định đấu thầu qua mạng, trách nhiệm của các bên mời thầu, như việc cung cấp danh sách các nhà thầu thường tham gia đấu thầu các dự án của đơn vị đó; có thể áp dụng chế tài không công nhận kết quả trúng thầu, nếu bên mời thầu không tuân thủ quy định đấu thầu qua mạng… Vì vậy, cùng với việc nâng cấp Hệ thống đấu thầu Quốc gia, Cục Quản lý đấu thầu sẽ nghiên cứu đưa ra các văn bản hướng dẫn cụ thể, để đấu thầu qua mạng trở thành công cụ chống tham nhũng hiệu quả và tiết kiệm cho ngân sách Nhà nước hàng tỷ USD.