Theo cáo buộc của VKS, Phan Văn Anh Vũ (Vũ "nhôm") được tuyển dụng vào lực lượng Công an nhân dân, biên chế là nhân viên tình báo của Tổng cục V, Bộ Công an, từ ngày 1-10-2009. Để tạo điều kiện cho Phan Văn Anh Vũ thực hiện nhiệm vụ, Tổng cục V đã sử dụng hai công ty do Phan Văn Anh Vũ là Chủ tịch Hội đồng quản trị (HĐQT) và người đại diện theo pháp luật, làm tổ chức bình phong.
Cáo trạng nhận định, quá trình điều hành Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79 và Công ty Cổ phần Nova Bắc Nam 79, Phan Văn Anh Vũ đã lợi dụng danh nghĩa tổ chức bình phong của Tổng cục V (Bộ Công an) để đề nghị các Bộ, ngành và Chính quyền địa phương cho thuê đất, chuyển quyền sử dụng đất và tài sản trên đất của các dự án nhà, đất công sản có diện tích lên tới hàng nghìn m2 ở các vị trí đắc địa tại hai thành phố lớn là Đà Nẵng và TP.HCM trái quy định của pháp luật.
Từ 2009-2016, hai công ty nói trên được nhận quyền sử dụng đất và tài sản trên đất không qua đấu giá, xin giảm giá, giảm hệ số sinh lợi và một số ưu đãi khác... tại bảy nhà, đất công sản, dự án bất động sản với tổng diện tích hơn 6.700 m2 nhà và hơn 26.700 m2 đất, tổng trị giá trên 2.500 tỉ đồng.
Đáng chú ý, trong số này có ba khu đất vàng tại TP.HCM.
Thứ nhất là nhà, đất tại số 15 Thi Sách, Quận 1 (TP.HCM), gồm hơn 2.600 m2 nhà và hơn 2.300 m2 đất, tổng trị giá hơn 760 tỉ đồng.
Khu đất này được giao cho Công ty TNHH MTV Phim Giải phóng sử dụng theo hình thức ký hợp đồng thuê nhà với Công ty TNHH MTV Quản lý kinh doanh nhà TP.HCM.
Ngày 23-6-2014, Tổng cục V (Bộ Công an) có Công văn đề nghị Bộ VH-TT&DL cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 nhận quyền thuê đất số 15 Thi Sách theo hướng phục vụ an ninh.
Được Bộ VH-TT&DL đồng ý, tháng 10-2014, Công ty Phim Giải Phóng ký hợp đồng nhượng quyền thuê đất với Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 và nhận tiền hỗ trợ hơn 29 tỉ đồng.
Sau đó, theo đề nghị của Bộ Công an, UBND TP.HCM cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 được ký hợp đồng thuê đất với Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM; phải nộp vào ngân sách thành phố chi phí bồi thường tài sản, vật kiến trúc trên đất số tiền hơn 6,7 tỉ đồng, nhưng được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp.
Ngày 11-6-2015, UBND TP.HCM ban hành Quyết định chấp thuận cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 thuê đất tại số 15 Thi Sách với mục đích làm văn phòng làm việc, thời hạn 50 năm, hình thức thuê đất trả tiền hàng năm. Sau khi được thuê đất, Phan Văn Anh Vũ đã lập dự án bổ sung chức năng với chiều cao 83 m, 115 căn hộ, 72 căn officetel và 88 phòng khách sạn...
Tuy nhiên, trong thời gian chờ phê duyệt giá, các vụ việc liên quan đến Phan Văn Anh Vũ bị phát hiện và xử lý, Cơ quan Cảnh sát điều tra có công văn đề nghị UBND TP.HCM phong tỏa các tài sản cũng như tạm dừng các dự án liên quan đến Phan Văn Anh Vũ nên việc phê duyệt giá trị quyền sử dụng đất chưa được thực hiện.
Vì vậy, cơ quan điều tra chỉ xác định số tiền Nhà nước bị thiệt hại trong dự án này là hơn 6,7 tỉ đồng tiền Phan Văn Anh Vũ được khấu trừ trái pháp luật vào tiền thuê đất nêu trên.
Thứ hai là nhà, đất tại số 8 đường Nguyễn Trung Trực, Quận 1 (TP. Hồ Chí Minh), diện tích gần 1.300 m2 đất, tổng trị giá hơn 363 tỉ đồng.
Ngày 2-12-2009, Bộ Công an có Công văn đề nghị UBND TP.HCM tạo điều kiện cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 được thay thế Công ty Xuất nhập khẩu và Phát triển văn hóa tiếp tục thuê và sử dụng Nhà đất số 8 Nguyễn Trung Trực.
Giữa tháng 12-2009, Công ty Xuất nhập khẩu và Phát triển văn hóa và Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 thỏa thuận, thống nhất các khoản bồi thường, hỗ trợ để chuyển giao quyền thuê đất. Sau đó, hai Công ty này có văn bản gửi UBND TP.HCM đề nghị cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 được thuê đất tại số 8 Nguyễn Trung Trực để đầu tư xây dựng khu thương mại cao ốc, văn phòng, khách sạn, căn hộ phục vụ công tác đặc thù của Bộ Công an phía Nam...
Đầu tháng 6-2010, UBND TP.HCM có Công văn chấp thuận chủ trương cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 sử dụng mặt bằng tại số 8 Nguyễn Trung Trực nhưng phải theo đúng mục tiêu quy hoạch của Thành phố.
Ngày 18-4-2012, Sở Tài chính TP.HCM xác định đơn giá thuê đất của Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 tại khu đất số 8 Nguyễn Trung Trực là gần 600 nghìn đồng/m2/năm (ổn định trong 5 năm, đến ngày 22-6-2016).
Sau đó, Sở Tài nguyên và Môi trường TP.HCM ký hợp đồng thuê đất với Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 và sau đó cấp giấy Chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79 với mục đích sử dụng: Đất sản xuất, kinh doanh. Hiện nhà đất số 8 Nguyễn Trung Trực đang được sử dụng làm trụ sở hoạt động của Công ty CP Xây dựng Bắc Nam 79.
Tại Kết luận định giá, đơn giá thuê đất theo giá thị trường tại thời điểm tháng 4-2012 là hơn 62 triệu đồng/m2/50 năm. Căn cứ vào Kết luận định giá này, Cục Thuế TP.HCM xác định đơn giá thuê đất theo giá thị trường là hơn 1,5 triệu đồng/m2/năm; số tiền thuê đất phải nộp trong 5 năm là hơn 10 tỉ đồng.
Cuối tháng 12-2018, Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự ở Trung ương kết luận, giá trị quyền sử dụng đất của Nhà, đất tại số 8 Nguyễn Trung Trực tại thời điểm Cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố vụ án là hơn 363 tỉ đồng.
Như vậy, đối với Nhà, đất tại số 8 Nguyễn Trung Trực, số tiền Nhà nước bị thiệt hại là hơn 6,4 tỉ đồng (10 tỉ đồng (tiền thuê đất phải nộp theo đúng quy định) trừ đi hơn 3,7 tỉ đồng tiền Công ty Xây dựng Bắc Nam 79 của Phan Văn Anh Vũ thực nộp).
Thứ ba, nhà, đất tại số 129 Pasteur, Quận 3 (TP.HCM), gồm gần 1.500 m2 nhà và hơn 2.200 m2 đất, tổng trị giá hơn 517 tỉ đồng.
Nhà đất số 129 Pasteur do Tổng cục IV (Bộ Công an) quản lý, sử dụng làm nhà khách đối ngoại. Cuối tháng 4-2015, Phan Văn Anh Vũ đã ký Tờ trình gửi Lãnh đạo Bộ Công an và Tổng cục IV xin mua nhà đất số 129 Pasteur.
Cuối tháng 5-2015, Thứ trưởng Bộ Công an Bùi Văn Thành ký tờ trình báo cáo Thủ tướng cho phép chuyển nhượng quyền sử dụng đất và tài sản trên đất của Nhà đất số 129 Pasteur cho Công ty CP Nova Bắc Nam 79 để phục vụ công tác nghiệp vụ của ngành Công an.
Cuối tháng 1-2016, Tổng cục IV (Bộ Công an) và Công ty CP Nova Bắc Nam 79 ký Hợp đồng nguyên tắc về việc chuyển nhượng nhà đất số 129 Pasteur với giá hơn 294 tỉ đồng...
Kết luận định giá tài sản sau đó kết luận, giá trị quyền sử dụng đất của Nhà, đất số 129 Pasteur tại thời điểm khởi tố vụ án là hơn 517 tỉ đồng, số tiền Nhà nước bị thiệt hại tại thời điểm khởi tố vụ án là hơn 222 tỉ đồng.