Trong báo cáo giải trình Chính phủ về việc xử lý sau thanh tra đất đai tại TP HCM, UBND thành phố thừa nhận thiếu sót khi chưa xin ý kiến Thủ tướng nhưng đã ban hành Quyết định 5080/1999 - điều chỉnh 8 phân khu chức năng tại Khu đô thị mới Nam thành phố.
Tuy nhiên, UBND thành phố cho là việc này không làm thay đổi định hướng phát triển quy hoạch chung đã được Thủ tướng phê duyệt. Việc điều chỉnh cũng được thành phố lấy ý kiến Bộ Xây dựng và Quyết định 5080 đã được thay thế bởi Quyết định 6555/2005. Nội dung quy hoạch tại Quyết định 6555 đã được cập nhật vào Đồ án điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng thành phố đến năm 2025 và được Thủ tướng duyệt tại Quyết định 24/2010, cũng như đã cập nhật vào Đồ án quy hoạch chi tiết xây dựng đô thị tỷ lệ 1/5.000 (quy hoạch phân khu) Khu đô thị mới Nam thành phố do UBND thành phố phê duyệt tại Quyết định 6692/2012. Để có cơ sở quản lý và tiếp tục triển khai các dự án, thành phố kiến nghị Thủ tướng chấp thuận việc chuyển đổi 8 khu chức năng tại Quyết định 5080 và cho phép thành phố tiếp tục thực hiện Quyết định 6555. Bản đồ khu đô thị mới Nam thành phố. Ảnh: Ban Quản lý Khu Nam Hàng loạt dự án khác sai phạm Về việc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển nhà Ngọc Đông Dương chậm tiến độ xây chung cư, UBND TP HCM cho biết, ban đầu dự án Chung cư A22 có diện tích hơn 13.700 m2 (tại Khu 13A - Khu chức năng số 13 - Đô thị mới Nam thành phố) do Công ty CP Xây dựng công trình và Đầu tư địa ốc Hồng Quang làm chủ đầu tư. Sau đó, công ty này chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho Công ty Ngọc Đông Dương để tiếp tục thực hiện dự án với cam kết khởi công tháng 12/2013. Nhưng vì gặp khó khăn về tài chính nên đơn vị này kiến nghị hỗ trợ. Đến năm 2016, Ngọc Đông Dương vẫn chưa khởi công dự án theo cam kết và cũng không thực hiện báo cáo giám sát đầu tư. Ban Quản lý Khu Nam đã kiến nghị UBND thành phố giao Sở Tài nguyên Môi trường thanh tra về tình hình sử dụng đất và xử lý theo quy định. Hồi tháng 6, Ban Quản lý Khu Nam yêu cầu chủ đầu tư cam kết tiến độ thực hiện và xây dựng hoàn thành công trình, nếu không sẽ xử lý theo quy định. Sau đó, Công ty Ngọc Đông Dương có văn bản cho biết trong tháng 8 sẽ lập thủ tục để thực hiện dự án. Về ba dự án: khu dân cư hơn 28 ha tại xã Bình Hưng - huyện Bình Chánh; khu dân cư 2 ha tại phường An Lạc (quận Bình Tân) và khu dân cư tại phường An Lạc, UBND thành phố cho biết Sở Tài nguyên Môi trường tham mưu giao đất theo quy hoạch chi tiết xây dựng đô thị đã được duyệt và theo quy định của Luật Đất đai năm 2003, Nghị định 181/2004, Nghị định 69/2009 của Chính phủ. Sau đó, các dự án trên đều được UBND thành phố chấp thuận cập nhật vào quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được phê duyệt. Ngoài ra, UBND TP HCM cũng báo cáo Chính phủ việc giải quyết 17 dự án chồng lấn hành lang an toàn giao thông. Trong đó có dự án của Công ty CP Phát triển Nam Sài Gòn xây dựng hạ tầng kỹ thuật lấn đất giao thông và công trình công cộng để làm nhà ở, chuyển nhượng đất khi chưa được giao... Trước đó, từ năm 2011, Thanh tra Chính phủ đã có Kết luận 2889 chỉ ra hàng loạt dự án sai phạm trong quá trình triển khai các dự án đầu tư tại TP HCM. Do việc xử lý sau thanh tra kéo dài nên hồi tháng 7 Phó Thủ tướng thường trực Trương Hòa Bình đã có chỉ đạo thành phố phải xử lý dứt điểm. Chính quyền thành phố đã có nhiều báo cáo về xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân vi phạm được nêu trong Kết luận thanh tra 2889. Theo đó, các cơ quan gồm Sở Quy hoạch - Kiến trúc; Tài nguyên - Môi trường; Xây dựng; Ban Quản lý Khu Nam; UBND các quận 2, 7, 9, Thủ Đức, Bình Tân và huyện Bình Chánh... đã bị phê bình, kiểm điểm rút kinh nghiệm. Khu đô thị mới Nam thành phố được quy hoạch trên diện tích gần 3.000 ha, gồm một tuyến đường xương sống dài 17,8 km; rộng 120 m và 10 làn xe. Khu đô thị này bắt đầu từ cửa ngõ Khu chế xuất Tân Thuận, xuyên qua các quận 7, 8, huyện Bình Chánh; dừng lại tại Quốc lộ 1 hướng về vùng Đồng bằng Sông Cửu Long. 21 phân khu chức năng được xây dựng dọc hai bên đường thành một đô thị hiện đại, hỗn hợp đa chức năng gồm: trung tâm tài chính, thương mại, dịch vụ, công nghiệp sạch, khoa học, văn hóa, giáo dục, y tế, nghỉ ngơi, vui chơi , giải trí với quy mô dân số khoảng 500.000 người. Đây là một phần trong chuỗi các đề án xây dựng phát triển TP HCM hướng ra Biển Đông bao gồm: xây dựng Khu chế xuất Tân Thuận, Nhà máy điện Hiệp Phước, Khu Công nghiệp Hiệp Phước, Khu đô thị Cảng Hiệp Phước... Mục tiêu của thành phố là biến vùng đất thuần nông nghèo khó, lạc hậu, trũng thấp, quanh năm phèn mặn trở thành vùng đô thị sôi động hiện đại, văn minh.