Tổng công ty Phát triển nhà và Đô thị (HUD) đơn vị chủ đầu tư dự án không thực hiện việc lập kế hoạch sử dụng đất hàng năm và không xin phép xây dựng đối với một số dự án.
Nhiều lô đất đã xây dựng sai quy hoạch về mật độ, tầng cao cũng như chỉ tiêu sử dụng đất. Cụ thể, tại dãy thấp tầng từ TT01 đến TT06 thuộc khu 24 ha, phần lớn được xây từ 3,5 đến 4,5 tầng, có mật độ xây dựng khoảng từ 85% đến 95% trong khi quy hoạch được phê duyệt chỉ được xây 3 tầng với mật độ 65%.
Tại lô CC2 quy hoạch phê duyệt là 3 tầng, mật độ xây dựng 45,47% nhưng dự án chuyển đổi nhiều hạng mục. Đáng chú ý, ở lô CC2C do Xí nghiệp xây dựng tư nhân số 1 làm chủ đầu tư, đoàn thanh tra phát hiện có 3 công trình (chung cư cao 6 tầng, nhà văn phòng 2 tầng và khách sạn cao 4 tầng) vi phạm Luật xây dựng.
Năm 2008, Sở Quy hoạch kiến trúc Hà Nội không báo cáo UBND Thành phố những sai phạm của chủ đầu tư để xử lý mà có văn bản chấp thuận cho chủ đầu tư được nghiên cứu lập quy hoạch trên tổng diện tích 5.064 m2 (gồm diện tích lô CC2D và CC2C) hợp khối xây dựng các công trình công cộng để xây dựng công trình có diện tích khoảng hơn 1.000 m2 cao 17 tầng và 2 tầng kỹ thuật, 1 tầng hầm và không yêu cầu chủ đầu tư hoàn thiện đồng bộ cây xanh sân vườn, đường nội bộ và dỡ bỏ các công trình sử dụng không đúng quy hoạch. Công trình khách sạn cao 4 tầng, diện tích hơn 434 m2 tại lô CC2, đến nay chủ đầu tư vẫn chưa phá dỡ.
Tại lô đất được quy hoạch làm nút giao thông và đường gom của cầu cạn vành đai 3 do HUD bàn giao cho một số đơn vị khác làm bãi trông xe là không đúng quy định.
Tương tự việc xây dựng các lô biệt thự, khách sạn văn phòng tại khu 160 ha cũng sai mật độ, hệ số sử dụng đất và tầng cao so với quy hoạch đã được phê duyệt.
Bên cạnh đó, HUD cũng thực hiện việc chuyển nhượng hạ tầng cho một số nhà đầu tư thứ phát khi chưa có ý kiến của cơ quan thẩm quyền. Một số chủ đầu tư thứ cấp đã nhận bàn giao đất từ HUD từ năm 2010 nhưng đến nay vẫn chưa xây dựng công trình. Còn một số dự án xây dựng lại vượt tầng cao và mật đô xây dựng so với quy hoạch được duyệt; nhiều chủ đầu tư thứ cấp không thực hiện khai báo việc sang nhượng và nghĩa vụ tài chính với nhà nước.
Trong quá trình thanh tra, đoàn thanh tra yêu cầu và HUD đã nộp số tiền sử dụng đất còn thiếu trên 420 triệu đồng; số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp với phần tài sản cố định hơn 965 triệu đồng và trên 2,6 tỷ đồng khác là phí xây dựng các công trình do Tổng công ty này làm chủ đầu tư về tài khoản tạm giữ của Thanh tra Hà Nội.
Trên cơ sở kết quả thanh tra, Thanh tra thành phố Hà Nội đã giao UBND quận Hoàng Mai kiểm tra, rà soát và có biện pháp xử lý nghiêm các trường hợp xây dựng nhà không phép, sai phép và trái quy hoạch trong dự án.
Thanh tra Thành phố cũng giao Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội làm thủ tục thu hồi các lô đất của chủ đầu tư thứ cấp đã nhận chuyển nhượng nhưng quá 12 tháng không triển khai và không thực hiện nghĩa vụ tài chính với nhà nước.
Dự án khu dịch vụ tổng hợp và nhà ở Linh Đàm được hình thành và triển khai từ năm 1993 đến nay đã cơ bản hoàn thành. Dự án có tổng diện tích 184ha, với tổng số vốn đầu tư lên tới 966 triệu USD. Đây cũng là dự án đầu tiên được công nhận khu đô thị kiểu mẫu tại Hà Nội.