Luật thuế sử dụng đất phi nông nghiệp 2010, thuế sử dụng đất được tính trên cơ sở thuế suất nhân với giá đất (1m2) do UBND cấp tỉnh quy định đã dẫn đến không hợp lý trong việc tính thuế, có khu vực phải nộp thuế rất cao như tại khu vực trung tâm thành phố lớn, nhưng lại có khu vực (đất ở nông thôn, đất ven đô) lại phải nộp thuế rất thấp; điều không hợp lý là tại những khu vực này thuế sử dụng đất phi nông nghiệp lại thấp hơn thuế sử dụng đất nông nghiệp từ 2 lần đến 4 lần.
Ví như, vị trí có giá đất ở cao nhất tại Hà Nội năm 2014 là 81 triệu đồng/m2 sẽ phải nộp thuế là 24.300 đ/m2/năm; vị trí có giá đất ở có giá thấp nhất là 400.000đ/m2 (huyện Mỹ Đức) sẽ phải nộp thuế sử đất phi nông nghiệp là 120 đ/m2/năm. Trong khi thuế sử dụng đất nông nghiệp hạng 1 cùng khu vực là 0,055kg thóc x 5.500đ/kg (giá năm 2013) = 302,5đ/m2/năm.
Bên cạnh đó, thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản (2% giá trị chuyển nhượng hoặc 25% thu nhập), cũng như phí trước bạ trong giao dịch bất động sản (0,5% giá trị bất động sản) còn cao, không khuyến người dân giao dịch chính thức và đăng ký nộp thuế hoặc khai man để trốn thuế. Mặt khác, thủ tục nộp thuế từ chuyển nhượng bất động sản cũng phức tạp, mất nhiều thời gian của người dân, doanh nghiệp.
Trước những bất cập trên, Bộ Xây dựng đang đề xuất Chính phủ, tiếp tục nghiên cứu sửa đổi, bổ sung Luật thuế sử dụng đất phi nông nghiệp theo hướng công bằng trong sử dụng đất và nghĩa vụ nộp thuế, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp về nguyên tắc phải cao hơn thuế sử dụng đất nông nghiệp cùng khu vực. Kết hợp với việc nghiên cứu xây dựng chính sách thuế bất động sản để tạo sự công bằng, hạn chế đầu cơ bất động sản cũng như tạo nguồn thu ổn định và lâu dài cho Nhà nước.
Tiếp đó là nghiên cứu sửa đổi, bổ sung Luật Thuế thu nhập cá nhân, quy định về lệ phí trước bạ liên quan tới bất động sản theo hướng chỉ quy định một phương pháp tính thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản bằng giá chuyển nhượng bất động sản nhân với thuế suất; nghiên cứu giảm mức lệ phí trước bạ để khuyến khích các giao dịch chính thức, hạn chế thấp nhất các giao dịch “ngầm” trên thị trường.
Hơn nữa, cũng cần nghiên cứu cải tiến quy trình thủ tục thu thuế liên quan đến bất động sản, thu tiền sử dụng đất để tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp và người dân, sử lý nghiêm các trường hợp trốn thuế, gian lận thuế, chống thất thu cho ngân sách.