Cùng với đó, việc phối hợp giữa cơ quan bán nhà và chính quyền địa phương chưa tốt; chưa tích cực trong tiếp nhận, quản lý quỹ nhà cơ quan tự quản bàn giao; chưa kịp thời ban hành các quy định về quản lý đối với một số vấn đề phát sinh sau bán nhà; chưa chú trọng chỉnh trang đô thị khi bán cả diện tích nhà quá nhỏ không đủ điều kiện xây dựng mới. Thanh tra Bộ Xây dựng đã đề nghị UBND TP Hà Nội xử lý kết quả thanh tra theo hướng giảm bớt thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho người mua. Cụ thể, xem xét lại cơ chế phối hợp giữa cơ quan TP tham gia bán nhà và cấp sổ đỏ, kịp thời chấn chỉnh theo hướng: Giao sở xây dựng rà soát các thủ tục hành chính liên quan, bỏ bớt thủ tục không cần thiết và hướng dẫn
cụ thể xác nhận hồ sơ mua bán trên nguyên tắc tạo thuận lợi cho người mua, không làm phát sinh thêm thủ tục hành chính; xác định bốn thông số bán nhà theo nguyên tắc duyệt một lần cho toàn biển số nhà hoặc toàn khu tập thể, không thực hiện theo từng hồ sơ mua nhà; quy định cụ thể trách nhiệm của phường, xã, Sở xây dựng, công ty quản lý nhà trong xác nhận đơn và quyền của quận, huyện trong cấp sổ đỏ, bảo đảm không chồng chéo
Theo Sở Xây dựng Hà Nội, năm 2013, thành phố còn gần 1.000 hồ sơ bán nhà theo NĐ 61/CP đã thẩm định, duyệt giá còn tồn đọng chưa hoàn tất nghĩa vụ tài chính, trong đó khoảng 700 hồ sơ đã ký hợp đồng mua bán, hơn 400 hồ sơ đã gửi giấy mời nhiều lần nhưng các hộ dân chưa đến nộp tiền vì lý do khó khăn tài chính. Ước tính, số tiền thực nộp khoảng 60 tỷ đồng. Dự kiến, năm nay sẽ bán tiếp khoảng 3.000 căn, với tổng diện tích 60.000m2. Vấn đề nhà tự quản vốn đã "lùng nhùng" nhiều năm chưa có cách gỡ. Thành phố đã có văn bản nhắc nhở, nhưng nhiều đơn vị không quan tâm, hoặc đồng ý bàn giao nhưng nhà đất hộ dân ở đan xen đất cơ quan nên lại chưa sắp xếp được. Trong khi đó, nhu cầu được cấp GCN của người dân rất lớn. Tình trạng cơi nới, lấn chiếm, xây dựng không phép khá phổ biến; hầu hết quỹ nhà không còn đơn vị tự quản (cơ quan đã giải thể) đều đã được phá đi, xây dựng lại kiên cố. Ước tính, dạng nhà này có khoảng 50.000 căn, trong đó khoảng 7.000 căn vướng quy hoạch, có tranh chấp, khiếu kiện, nằm trong danh mục biệt thự không được bán. Trước khi có kết luận thanh tra của Bộ, Hà Nội cũng rà soát, phân loại các trường hợp vướng mắc, tồn đọng cụ thể để đề xuất hướng giải quyết.